В январе 1991 года Михаил Головатов командовал бойцами "Альфы", задействованными для штурма вильнюсской телебашни. Эта акция (наряду с захватом ряда объектов в Вильнюсе советскими военнослужащими) стала ответом советских властей на действия руководства Литвы, провозгласившего независимость республики.

В ночь на 13 января советские десантники при поддержке бойцов "Альфы" взяли штурмом здание телебашни, вокруг которой собрались около 1000 человек, пытавшихся ее защитить. При штурме использовалась бронетехника. В результате погибли 14 человек, сотни людей получили ранения. Советские войска планировали взять под контроль здание Верховного Совета Литвы, возле которого также собрались защитники независимости республики. Однако штурм ВС не состоялся. Позднее в связи с этими событиями литовские власти завели уголовное дело о попытке государственного переворота.

Несколько человек по этому делу были осуждены. Ряд подозреваемых, в числе которых есть граждане России и Белоруссии, объявлены в розыск. Правда, в отношении большинства подозреваемых, как сообщалось, уже истек срок давности.